Según la Ley, la cooperativa debe contar con unos órganos sociales, nombrados, controlados y desempeñados por los socios (no obstante, se admite con limitaciones la figura del consejero independiente). Los órganos más habituales e importantes son: la asamblea general, el consejo rector u órgano de administración y los interventores. Si la cooperativa no superase los diez socios (en las cooperativas de viviendas no frecuente salvo la fase inicial) y lo previesen los estatutos, el consejo rector podría sustituirse por un administrador único o dos administradores (solidarios o mancomunados).
La asamblea general es la reunión de los socios para deliberar y tomar acuerdos, como órgano supremo de expresión de la voluntad de la cooperativa. Los acuerdos que en ella se tomen, adoptados conforme a las leyes y a los estatutos sociales, obligan a todos los socios. Todos los asuntos propios de la cooperativa pueden ser objeto de debate y acuerdo en la asamblea general, y en ella cada socio tiene voz y voto, según los principios democráticos en los que se basa el funcionamiento de las cooperativas.
Las cuentas anuales, junto con el informe de gestión y la propuesta de aplicación del resultado, serán presentadas para su aprobación a la asamblea general ordinaria que obligatoriamente ha de celebrarse anualmente. Es importante resaltar el trascendental papel que juega la asamblea general de socios como órgano supremo de la expresión de la voluntad social. Sin embargo, sus acuerdos pueden ser revisados judicialmente, por cuanto “acuerdo mayoritario” no es sinónimo de “acuerdo válido”, y pudiera ser contrario a la Ley o a los Estatutos, o lesionar los intereses de la cooperativa en beneficio de uno o varios socios o de terceros. El consejo rector es el órgano de gobierno, gestión y representación de la sociedad cooperativa (art. 39 LCCM); y, consecuentemente, es el órgano de administración, que debe actuar con sujeción a la ley, a los estatutos y a la política general fijada por la asamblea general y a los acuerdos que ésta adopte en uso de su competencia.
El consejo rector debe estar formado al menos por tres miembros con un máximo de quince (infrecuente), debiendo los estatutos fijar la cifra exacta. Dentro del consejo rector los cargos imprescindibles son los de presidente y secretario; además podrían existir otros cargos como vicepresidente, tesorero y vocal (el vocal es un consejero sin función específica), todos ellos elegidos como miembros del consejo (consejeros) por la asamblea general necesariamente en votación secreta, aunque la designación para el cargo concreto, puede hacerse según se establezca en los Estatutos, directamente en la asamblea o por el consejo rector de entre sus miembros o de forma mixta. Salvo disposición en contra de los estatutos los consejeros podrán ser reelegidos tantas veces como se quiera. Los estatutos fijarán en todo caso la duración del mandato que no superará los cuatro años (lo habitual), si bien el cargo no caduca manteniendo el consejo rector sus funciones hasta que se elija otro cuyos miembros acepten expresamente el cargo. Debe advertirse que los consejeros (art. 43 LCCM) desempeñarán su cargo con la diligencia debida, respetando los principios cooperativos y responderán solidariamente frente a la cooperativa, los socios y los terceros del perjuicio que causen por acciones dolosas o culposas y siempre que se extralimiten en sus facultades, sin que queden exonerados por el hecho de que la asamblea general haya ordenado, consentido o autorizado el acto o acuerdo cuando sea competencia exclusiva del consejo rector; responsabilidad que debe resaltarse de cara a las gestoras, para que estas claramente limiten su protagonismo y el órgano de administración de la cooperativa asuma la plenitud de sus funciones de gobierno y administración. Destacarse que, por ley, el presidente ostenta la representación legal de la cooperativa, lo que se conjuga con que dicha representación legal la ostente también, colectivamente, el consejo rector, que es además el único órgano facultado para conferir apoderamientos (art. 32.3 LC)
En materia de incompatibilidades señalar que ninguna persona puede ser miembro del consejo rector simultáneamente en más de una cooperativa de viviendas y que asimismo nadie puede ser al tiempo miembro del consejo rector, interventor y miembro del comité de recursos, lo que afecta también a familiares (cónyuge y, analógicamente, la pareja de hecho, y otros parientes hasta segundo grado de consanguineidad o afinidad: art. 41 LC); ni tampoco se puede ejercer el cargo de interventor si en el periodo a fiscalizar se ha sido miembro del consejo rector (art. 46 LCCM).
La asamblea general o el consejo rector podrán acordar la existencia en la cooperativa de un director, cuyas facultades conferidas deberán constar en escritura notarial e inscribirse en el registro de cooperativas. En las cooperativas de viviendas al existir gestoras la figura del director no es frecuente.
Los interventores, son el órgano de fiscalización de la cooperativa y tienen como función principal la censura de las cuentas anuales. Al igual que el consejo rector, los interventores son elegidos, como el consejo rector, en votación secreta, por la asamblea general. Es importante tener en cuenta que la Ley prevé que las cooperativas de viviendas sometan sus cuentas a auditoría externa en determinadas circunstancias, como sucede cuando se estén promoviendo más de 40 viviendas o locales o cuando exista más de una fase o promoción (entregadas las viviendas a los socios cesa la obligación de auditar), en cuyo caso el interventor no ejercerá su función fiscalizadora habitual, aunque ello no invalida su existencia ya que tiene otras funciones que la ley le atribuye (así, la promoción de asambleas o las impugnaciones).